آیت الله بهجت در سیروسلوک سابقه دهها ساله دارد، ایشان از شاگردان عارف کامل حضرت آیت الله سید علی آقای قاضی (ره) و مورد توجه خاص آن استاد بزرگ بوده و در اوان جوانی، مراحلی را در عرفان سپری کرده اند.
بعضی از نزدیکان مرحوم قاضی می گفتند:
« از مقامات و مراحلی که ایشان طی کرده اند اطلاع داریم، ولی عهدی داریم با ایشان که به احدی نگوییم. »

 عارف بزرگی چون امام خمینی (قدس سره) به ایشان عنایتی خاص داشته اند. امام بعد از بازگشت به قم در اول انقلاب، در بیت ایشان حضور یافته و به دیدار یکدیگر نایل می آیند.
مؤلف کتاب انوارالملکوت نیز در این باره می نویسد:
« آیت الله العظمی حاج شیخ محمد تقی بهجت فومنی از شاگردان معروف آیت الحق و سند عرفان، عارف بی بدیل مرحوم آقای حاج میرزا علی آقای قاضی تبریزی(ره) در نجف اشرف بوده اند، و در زمان آن مرحوم، دارای حالات و مکاشفات غیبیه الهی بوده و در سکوت و مراقبه، حد اعلایی از مراتب را حایز بوده اند.»

و بخاطر همین ویژگی بوده است که مرحوم آقای قاضی عنایت خاصی نسبت به ایشان داشت آقا ضیاءالدین آملی فرزند آیت الله العظمی حاج شیخ محمد تقی آملی در جلسه درس آیت الله بهجت در حضور ایشان برای حضار نقل کرده بود که من به چشم خود دیدم که مرحوم آقای میرزا علی آقای قاضی در نماز به ایشان اقتدا نمودند.

 

امام (ره) عنایت خاصی به آیت الله بهجت داشتند، نقل چند جریان در این ارتباط، مدعای ما را اثبات می کند:
آیت الله مسعودی می گوید:
« من در ضمن چهار پنج سالی که خدمت امام بودم یادم هست که دو سه مرتبه امام فرمود: فلانی، فردا صبح می خواهیم برویم منزل آقای بهجت. و فردای آن روز بلند می شدیم و می آمدیم منزل ایشان، همین منزلی که اکنون در آن ساکن هستند، و در اولین اتاق ورودی با همین فرشهایی که الان موجود است یکی دو دقیقه می نشستیم، سپس امام اشاره می کردند و من بیرون می رفتم و ایشان حدود نیم ساعت با آقای بهجت به گفتگو می پرداختند بعد امام بیرون می آمدند و می رفتیم. اما اینکه درباره چه مسائلی گفتگو می کردند، نمی دانم خودشان می دانستند و خدا.
همچنین دو سه مرتبه در همان بحبوحه نهضت 41 یا 42 آقای بهجت به من فرمودند که شما به آقای خمینی بگویید فردا صبح ساعت فلان دو رأس گوسفند قربانی کند و من می آمدم به امام اطلاع می دادم، ایشان هم بلا فاصله به من می گفت شما به قصاب ( آقای فرجی که اکنون نیز در قید حیات هست ) بگویید دو رأس گوسفند از طرف ما قربانی کند بعد پولشان را می دهیم.
بار دیگر نیز آقای بهجت به من پیغام داد که به امام بگویم: سه رأس گوسفند قربانی کند، آقا هم بلافاصله دستور داد سه رأس قربانی کنند.
اینها همه مسائلی بود که بین امام و آیت الله بهجت بود و ما فقط ظواهرش را می دیدیم و از باطنش اطلاع نداشتیم.
نیز هنگامی که امام در جماران ساکن بودند آقای بهجت به من فرمودند: یک نامه کوچکی دارم شما این را به آقا برسانید، من نامه را گرفتم توی پاکت گذاشتم و بردم در جماران خدمت امام دادم.
در هر صورت رابطه این دو بزرگوار خیلی تنگاتنگ بود، چندین بار نیز حضرت امام با آقای شیخ حسن صانعی منزل آقای بهجت رفتند؛ زیرا هنگامی که امام قم بودند من و آقای شیخ حسن صانعی همیشه در خدمت امام بودیم.

آیت الله بهجت هم به امام عنایت خاصی داشتند.
یکی از شاگردان امام قدس سره در خاطره ای می گوید: « پس از آزادی حضرت امام از زندان و ورودشان به قم در سال 1341 هـ.ش. مردم در تمام محله های قم جشن گرفتند و منزل هر روز آکنده از جمعیت بود، در آن زمان حضرت آیت الله العظمی بهجت نیز از کسانی بود که هر روز به منزل امام تشریف می آوردند و مدتی بر در یکی از حجرات بیت ایشان می ایستادند وقتی به ایشان پیشنهاد شد که شایسته نیست بیرون اتاق بایستید، لااقل در داخل اطاق بنشینید. ایشان در جواب فرمود: من بر خود واجب می دانم که جهت تعظیم این شخصیت ارزنده به اینجا آمده و دقایقی بایستم و سپس باز گردم. »

آیت الله مصباح نیز در این باره می گوید:
« مرحوم آقا مصطفی(ره) از پدرشان مرحوم امام (ره) نقل می کرد:
آقا معتقدند جناب آقای بهجت دارای مقامات معنوی بسیار ممتازی هستند.

از جمله مطالبی که از پدرشان درباره آقای بهجت نقل می کردند این بود که: ایشان دارای موت اختیاری هستند، یعنی قدرت این را دارند که هر وقت بخواهند روح خویش را از بدن به اصطلاح خلع کنند و بعد مراجعت کنند. این یکی از مقامات بلندی است که بزرگان در مسیر سیروسلوک عرفانی ممکن است به آن برسند، و همینطور مقامات معنوی دیگری در معارف توحیدی که زبان بنده یارای بحث درباره این زمینه ها را ندارد. »

هم او در جای دیگر می گوید:
« مرحوم حاج آقا مصطفی از قول امام نقل می کردند: وقتی امام (که ارتباط نزدیکی با مرحوم آقای بروجردی داشتند ) دیده بودند که زندگی آقای بهجت خیلی ساده است، برای کمک به زندگی ایشان یک وجهی از مرحوم آقای بروجردی گرفته بودند، وقتی آورده بودند برای آقای بهجت ایشان قبول نکرده بودند و امام هم مصلحت نمی دیدند آن وجه را برگردانند، به هر حال با یک چاره اندیشی حضرت امام فرموده بودند ( این طور که نقل کردند ): من از مال خودم به شما می بخشم، و شما اجازه بدهید من این را دیگر بر نگردانم. تا اینکه به این صورت ایشان به عنوان هبه از ملک شخصی حضرت امام قبول کردند. »
باز آیت الله یزدی در مورد عنایت ویژه حضرت امام به ایشان می گویند:
« در یکی از شرفیابی های خبرگان رهبری به خدمت حضرت امام راحل رحمه الله، از ایشان رهنمودی برای مسائل اخلاقی خواسته شد، حضرت امام، خبرگان را به حضرت آیت الله العظمی بهجت حواله دادند. و در جواب اظهار خبرگان که ایشان کسی را نمی پذیرد، فرمودند: آنقدر اصرار کنید تا بپذیرد. »